Una gran diversidad de fauna y flora
El entorno del río Guadalhorce se ha declarado como Zona de Especial Protección para las Aves, ya que la mayor parte de las especies del Desfiladero de los Gaitanes están amenazadas. Conviven importantes colonias de buitre leonado, pero también alimoches, águila real, halcón peregrino, buho real y otras como el arrendajo, el vencejo o la paloma bravía, entre otros. En cuanto a mamíferos, habitan cabras montesas, zorros o meloncillos, ademas de grutas de murciélagos. En cuanto al curso fluvial, se encuentran nutrias y especies como el barbo gitano, el sapillo pintojo o la culebra de escalera.
En el desfiladero hay cuatro zonas bien diferenciadas: los desfiladeros calizos, las laderas a pie de monte, el Valle del Hoyo y la ribera del Guadalhorce. Las especies que se adaptan a los hábitats rocosos son rupicolas y aprovechan las grietas para crecer, donde viven los zapaticos y el escobón. En las zonas más humedad se encuentran helechos, y en las laderas hay Sabina causada, propia de ambientes litorales. En el Valle del Hoyo domina el pino carrasco, el romero, la algaida y palmitos. En el margen del río crecen las adelfas y carrizos, ademas de frutales que los huertos cercanos guardan.